航空券やホテル、鉄道はネットで予約したが安いと聞きました
ミュンヘンは余り見所がないので、列車でのスイスへの往復に入れたがいいですよ
差額の5万円を安いと考えるか高いと考えるか
直行便をお勧めします
対処法としてはどんながあげられますか？
代替便と書かれてますけど、どのようなをイメージされてますか
ドイツのフランクフルト入国→ベルリン出国になると金額が変わってくるので入国・出国共にフランクフルトのが安い(最初からの金額)と言われました
経由地に自社や、提携する航空会社が便を飛ばしているか（お客さんが多いかどうか）で、値段は決まってくるでしょう